La investigación científica que se hace desde los museos insulares de La Gomera está definida por la geografía insular y sobre todo por su historia; otro factor destacado es la tradición investigadora en La Gomera y en Canarias, así como las prioridades y especificidades de cada centro.

Desde que los Museos Insulares de La Gomera inician su andadura se ha intentado integrar en la investigación las materias y métodos correspondientes a los tres centros cuya gestión corresponde al Cabildo de La Gomera: museo etnográfico, arqueológico y archivo general. En este sentido es de vital importancia para nuestros museos establecer redes con otros centros de investigación de mayor capacidad, como las universidades canarias; de la misma manera empresas y profesionales autónomos también forman parte de la red. No menos importante es la potencial participación vecinal en los proyectos de investigación.

Ambos museos disponen de áreas de interés referidas a las culturas pasadas como es el caso de la prehistoria insular: la explotación del litoral, el mundo de la muerte, la cultura del monte, etc. O en etapas más recientes, orientadas al llamado mundo tradicional: arquitectura, tejeduría, alfarería, pastoreo, etc.

Cabe señalar a este respecto que los estudios sobre los objetos atesorados en los almacenes de los museos, son otro nervio central en los trabajos de investigación.

Una circunstancia especial en el caso del MAG es la complementariedad que existe con la Unidad de Patrimonio Histórico; esto multiplica las potencialidades en materia de investigación ampliando el marco de trabajo a escala insular (los inventarios se engarzan, así, a la orientación de la investigación).

La orientación en la investigación desde el MAG está marcada por la contribución del investigador Juan Francisco Navarro Mederos; en ella “el territorio” es un concepto de referencia. Los trabajos etnográficos, apoyados sobre la oralidad se han multiplicado en la isla en los últimos veinte años. El rescate de la memoria es la principal línea de trabajo del MEG.